Kampus SMA Pangudi Luhur Van Lith yang sekarang ini, sebelumnya pernah digunakan untuk mendidik calon guru SD dengan sistem asrama yang didirikan oleh Pastor Fransiskus Gregorius Yosephus Van Lith, SJ. pada tahun 1904. Sekolah Guru tersebut berupa RC Kweekschool dan Normaalschool.

Romo Fransiskus Gregorius Van Lith Sj. dilahirkan di Oirachot, Belanda pada tanggal 17 Mei 1863.Datang ke Jawa tahun 1896, meninggal di Semarang pada tanggal 17 Mei 1926. Dan dimakamkan di Muntilan.Pada tahun 1952 sekolah tersebut diserahkan kepada Kongregasi Bruder FIC, yang dalam perkembangannya menjadi SGB, SMP, dan kemudian SGA Xaverius.

Pada tahun 1966 SGA Xaverius berganti nama menjadi SPG Van Lith.

Pada tahun 1991 Pemerintah menutup semua SPG di seluruh Indonesia dan SPG Van Lith beralih fungsi menjadi SMA Pangudi Luhur Van Lith Berasrama dengan status Disamakan berdasarkan Keputusan Direktorat Jendral Pendidikan Dasar dan Menengah No. 488/C/Kep/I/92 tanggal 31 Desember 1992